微生物膜應在2 ℃—8 ℃下干燥保存，保質期一年。使用前量取大約500mL0.005 mol/L的磷酸鹽緩沖溶液，倒入活化箱中，加入大約2g葡萄糖和0.5g谷氨酸，目的是給微生物提供營養。取一片生物膜，放入營養液中，蓋上蓋，通電，這時，活化箱里保持大約35℃溫度，適宜微生物生長。浸泡48小時（溫度在33℃-40℃之間）。然后將其安裝在電極上，將儀器的進液管和出液管放入活化箱中，在儀器的清洗工作狀態下，讓生物膜持續活化，這時儀器信號會緩慢下降，這是因為微生物逐漸增多后消耗周圍的溶解氧。大約十幾個小時后信號會降到最小，大約100左右，這說明微生物已經足夠多。然后將進液管放入清洗液中開始清洗流路，信號逐漸上升，幾小時后，上升變得非常緩慢。大約為1000左右，甚至更高。這時活化完成。
剛活化完的膜還不夠穩定，應用清洗液和25mg/L標樣輪流進樣，即清洗8分鐘，測樣8分鐘，循環幾次，才能達到輸出穩定。
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